2014年の横浜。
ミニマムという超常的な能力を持ったミニマムホルダーであるナイスとムラサキのコンビ「ハマトラ」はカフェ・ノーウェアを拠点に探偵業を営み、ミニマムを使って普通では解決できないような事件を解決していた。
ある日、そこへ寄せられた依頼がハマトラの旧友で警察官のアートの担当する事件と繋がっており、彼からミニマムホルダーだけを狙った連続猟奇殺人事件について告げられる。
犠牲者が増えるにつれ、後発ミニマムホルダーの存在が明らかになり、その背後にいるモラルという研究者にいきつくが、知略とミニマムによって証拠を一切残さない彼により、アートは暗殺されてしまう。
一般人の間でもミニマムの噂が広がりつつある中、横浜で後発ミニマムホルダーが暴れ出し、ミニマムについて世間が知るところになる。
ミニマム差別が横行し混沌を極める横浜で、ナイスは一連の事件の犯人であるモラルにたどり着く。
モラルと戦うナイスの前に死んだはずのアートが現れ、モラルを射殺することでこの事件は幕を閉じる。